Depuis la réforme de 2020, les fonctionnaires relèvent du régime général de la Sécurité sociale pour la maladie. Mais leur statut particulier leur confère des droits supplémentaires importants, notamment en matière de maintien de salaire et de congés maladie.
Maladie ordinaire : délai de carence et maintien de traitement
Contrairement aux salariés du privé qui subissent un délai de carence de 3 jours non indemnisés par la sécu, les fonctionnaires titulaires ont un avantage majeur : aucun délai de carence pour le maintien de leur traitement. L'employeur public maintient le traitement dès le 1er jour.
En revanche, depuis 2012, un jour de carence s'applique en cas de congé de maladie ordinaire dans la fonction publique (non remboursé par l'État). Ce jour de carence unique est bien inférieur aux 3 jours du privé.
Durées et niveaux de maintien selon le type de congé
| Type de congé | Durée totale max. | Traitement plein | Demi-traitement | Pathologies concernées |
|---|---|---|---|---|
| Congé Ordinaire de Maladie (COM) | 12 mois / 3 ans | 3 mois | 9 mois | Toute maladie |
| Congé Longue Maladie (CLM) | 3 ans | 1 an | 2 ans | Maladies graves (liste) |
| Congé Longue Durée (CLD) | 5 ans | 3 ans | 2 ans | Tuberculose, cancer, ALD grave |
| Accident de service | Illimité | Totalité | 0 | AT dans l'exercice des fonctions |
| Maladie professionnelle (FP) | Illimité | Totalité | 0 | Maladie liée au service |
Invalidité : rente d'invalidité vs pension d'invalidité
Le fonctionnaire inapte définitif à ses fonctions bénéficie d'une mise en retraite pour invalidité (et non d'une pension d'invalidité sécu). Le montant dépend des années de service et du taux d'invalidité reconnu par le comité médical.
Les fonctionnaires contractuels relèvent eux des mêmes règles que les salariés du privé (pension d'invalidité sécu cat. 1, 2 ou 3).
Mutuelle : la participation employeur public
Depuis janvier 2022 (FPE) et 2025 (FPT), l'employeur public est obligé de participer à la mutuelle de ses agents à hauteur d'au moins 50 % du montant de référence. Cette harmonisation avec le privé améliore la couverture des fonctionnaires.
Calculez vos IJ en tant que fonctionnaire
Notre simulateur tient compte des spécificités de la fonction publique.
Simuler mes indemnités →Retraite : toujours un régime spécifique
Pour la retraite, les fonctionnaires titulaires restent affiliés à la CNRACL (territoriale et hospitalière) ou au SRE (État), des régimes distincts du régime général. Le calcul de la pension se fait sur les 6 derniers mois de traitement indiciaire, et non sur les 25 meilleures années comme dans le privé.
Questions fréquentes
Un fonctionnaire bénéficie-t-il du maintien de salaire en cas d'arrêt maladie ?
Oui. Un fonctionnaire titulaire bénéficie d'un maintien de traitement intégral pendant 3 mois (congé ordinaire de maladie), puis à demi-traitement les 9 mois suivants, sans délai de carence.
Le fonctionnaire est-il affilié à la Sécurité sociale ?
Oui, les fonctionnaires sont affiliés au régime général de la Sécurité sociale depuis 2020 pour la maladie. Ils cotisent et bénéficient des mêmes prestations maladie que les salariés du privé.
Quelle est la différence entre CLM et CLD pour un fonctionnaire ?
Le Congé Longue Maladie (CLM) dure jusqu'à 3 ans ; le Congé Longue Durée (CLD) va jusqu'à 5 ans pour certaines pathologies graves. Le traitement est maintenu à taux plein puis demi-traitement selon la durée.